引进MD Anderson癌症中心终身教授李孟鸿任研究所执行所长;广东省结直肠盆底疾病研究重点实验室在广东省重点实验室的考评中获评为“优秀”;中山大学胃肠病学研究所在2015年度医科校级科研机构评估中获评“优秀”。
2009年中山大学从美国迈阿密大学引进刘焕亮教授,任常务副所长;筹建分子诊断实验室。11月,2001年诺贝尔医学奖获得者Lee Hartwell教授首次带队访问研究所;双方签署合作意向书,成立中山大学生物信号研究院。
2007年4月成立中山大学胃肠病学研究所,汪建平任所长,王磊任常务副所长,兰平任副所长,吴小剑任秘书。研究所位于中山大学附属第六医院4号楼层3-4层,层占地面积约800㎡,仪器设备总价值约200余万元。