中山大学附属第六医院生物样本库始建于2007年，使用面积200余平米，拥有超低温冰箱21台，4℃冰箱2台，温度监控系统24套，氧气浓度报警系统1套，冷冻水平离心机1台，全自动液体处理工作站1台，全自动核酸纯化提取仪1台，低温条码系统及打印机1套，样本信息化管理系统1套。样本库职责是采集、保存和利用人类胃肠道常见疾病的组织和血液标本，并对其进行科学的管理和质量控制；目的是充分利用现有的标本资源，为人类疾病的基础和临床研究提供高质量的研究样本。样本库自2011年底改建至今，配备了3名专职技术员，均已取得生物样本库岗前培训合格证书。在外科、手术室、病理科的大力配合下，逐步建立起规范、高效的收样流程和操作SOP，面向全院开展收样工作。中山大学第六附属医院生物样本库建成至今，已具备了相当的规模，储存有肿瘤患者的血清、血浆、全血及可供提取RNA、DNA和蛋白质的组织样本。至2025年底，样本库储存的标本近75万份，包括结直肠癌标本30万余份、食管癌和胃癌标本5万余份、炎症性肠病标本2万余份以及38万份血液标本。


       2017年，我院样本库通过了科技部关于人类遗传资源保藏项目审批，获得中国人类遗传资源办公室批件（国科遗办审字〔2017〕975号），其后在2022年获得续批（国科遗办审字〔2022〕BC0063号）。2018年参加并取得了全国生物样本库室间质评及第三方质控项目证书。目前六院生物样本库已基本实现血液样本处理自动化。样本库依照ISO 20387、人遗要求有关标准，结合本样本库的实际情况，建立质量管理体系，进行持续改进，将传统的医学检验模式转向控制检验质量、保证准确结果、密切联系临床的检验医学、转化医学、精准医学模式。2025年2月，自动化冷库落地生物岛，已完成验收工作，同时定制化搭建样本库管理系统，对接自动化冷库，实现样本自动出入库功能。创建本院HIS系统、随访数据库、全自动样本处理设备接口，实现患者信息、诊断信息、样本处理信息的自动导入功能。