研究所围绕胃肠道疾病，开展系统的基础和临床研究，主要设立四个研究方向：
一、胃肠疾病的早期筛查
主要研发适合中国人群的胃肠疾病筛查的新方法和新产品，用于胃肠疾病的早期诊断和预防。
学科带头人： 兰平教授，邹鸿志教授
二、胃肠疾病的早期干预
主要研究胃肠道息肉、炎性肠病（IBD）和肛周疾病等良性疾病的早期干预方法和技术。
学科带头人：任东林教授，吴小剑教授
三、胃肠疾病的生物学行为和分子机制
主要研究胃肠疾病发生发展的新机制、新靶点、新药物，并研究其转化应用价值。
学科带头人： 李孟鸿教授，刘焕亮教授
四、胃肠疾病围手术期治疗新方案的建立和推广应用
主要研究和探索胃肠肿瘤围手术期治疗新方案，建立个体化新辅助治疗策略，避免治疗不足与过度治疗。
学科带头人：汪建平教授，王磊教授
